幕末、江戸幕府が大政奉還をし、旧幕府と薩摩・長州の間で大きな戦が起ころうとしているその時、"元"忍びの里・甲賀は揺れていた。大戦で忍びの技を再び世に示せば、武士の身分に返り咲けるのではないか。そんな願いのもと、里の若者たちが集められるが…。